Puur toeval leidde ertoe dat er over de nieuwe bacterie kon worden gepubliceerd, vertelt promovendus Boas van der Putten, verbonden aan de afdelingen Medische microbiologie en Global Health. “Met mijn collega’s doe ik onderzoek naar Escherichia coli, een bacterie die belangrijk is voor onze gezondheid. Hij is nuttig in onze darmen, maar kan ons soms ook ziek maken. Vooral de exemplaren die resistent zijn tegen antibiotica, vormen een probleem.”
Voor zijn onderzoek gebruikt Van der Putten een database waarin onder andere DNA-gegevens zitten van E. coli bacteriën. Enkele jaren geleden merkten collega-wetenschappers op dat er ‘rare’ soorten tussen zaten die weliswaar erg op E. coli leken, maar het niet waren. Van der Putten: “Toen ik verder zocht in de literatuur kwam ik meer van dit soort meldingen tegen. In één van die ‘rare’ bacteriën was ik erg geïnteresseerd. Escherichia coli heeft namelijk 5 zustersoorten, waarvan er 2 niet officieel erkend zijn. De ene is ontzettend zeldzaam, daarom hoopte ik maar wat graag dat we die andere konden vinden.”
Joggen
Maar om te beoordelen of je de juiste bacterie te pakken hebt, is er een fysiek sample nodig om nader te kunnen bestuderen. En dat hadden de onderzoekers niet. Daarmee hield het op, dacht de promovendus. Tot er in 2019 tijdens een rondje joggen in het Westerpark een gedachte door zijn hoofd schoot: “We hebben toevallig nog wat in de vriezer liggen.” Op de afdeling Medische microbiologie liep een project dat internationale reizigers volgde om te kijken welke darmbacteriën ze mee naar huis nemen. “De E. coli wordt uit hun poep geïsoleerd om vervolgens naar het DNA van de bacterie te kijken. Dan zie je meestal nog soorten die sterk op E. coli lijken. Die gooien we eruit. Eén van de samples hadden we in de vriezer bewaard. En net in dat ene sample bleek de bacterie te zitten waarnaar ik op zoek was.”
Officiële erkenning
De corona-pandemie vertraagde een en ander, maar uiteindelijk wisten Van der Putten en zijn collega’s het DNA van de bacterie te ontrafelen. Daarnaast bestudeerden ze hem onder de elektronenmicroscoop. “Sommige bacteriën kunnen een soort van zwemmen, maar deze niet”, constateerde de promovendus. En: “Net als E. coli overleeft hij in de menselijke darmen. Ik denk dat mensen hem goed kunnen verdragen. De reiziger die de bacterie meebracht, was hem na een maand alweer kwijt. Verder is hij zo nieuw dat we er nog geen gericht onderzoek naar konden doen. Daardoor is er nog vrij weinig over bekend.”
Begin dit jaar konden de onderzoekers hun vondst publiceren en officiële erkenning vragen van deze nieuwe bacteriesoort. Dat deden ze in een vaktijdschrift dat dé autoriteit is op het gebied van het karakteriseren en benoemen van bacteriën. Door publicatie in dit blad wordt de bacterie officieel toegevoegd aan de E. coli-stamboom.
Rijk verleden
Tegelijkertijd moest het beestje nog een naam krijgen. “Zo’n naam moet aan een hoop voorwaarden voldoen”, weet Van der Putten inmiddels. “Je mag hem niet naar jezelf vernoemen, maar dat waren we sowieso al niet van plan. En het moet een Latijnse naam zijn die de Latijnse grammatica volgt. We wilden er een Amsterdamse draai aan geven omdat hij hier is ontdekt én er moest een microbiologisch tintje aan zitten. Daarom kozen we ervoor om de bacterie te vernoemen naar Charlotte Ruys, in het Latijn wordt dat Escherichia ruysiae.”
Charlotte Ruys ((1898-1977) was een vrouw met een rijk verleden. Ze werd in 1940 tot buitengewoon hoogleraar benoemd aan de Universiteit van Amsterdam, en was een van de eerste vrouwelijke hoogleraren in Nederland. Tijdens de oorlogsjaren zat ze in het artsenverzet en weigerde ze verder nog les te geven toen de Duitsers alle mannelijke studenten uit haar collegezaal hadden meegenomen. Acht jaar later werd zij hoogleraar Bacteriologie, epidemiologie en immuniteitsleer. Ze kwam op voor de belangen van vrouwelijke artsen, en was van 1947 tot 1950 voorzitter van de Medical Women's International Association.
Tekst: Irene van Elzakker
Foto: Boas van der Putten
