‘Metagenomics’ heet de techniek die de onderzoekers proberen in te zetten voor gebruik in de dagelijkse praktijk. “Daarmee spoor je het aanwezige DNA van micro-organismen op in een onbewerkt monster dat je bij een patiënt hebt afgenomen. Bijvoorbeeld in urine”, legt promovenda Victoria Janes uit. Zij is eerste auteur van de studie in the Lancet Microbe. “De gevonden stukjes DNA lees je af met een speciaal apparaat. Vervolgens voer je ze in op een supercomputer, die alle stukjes vergelijkt met een bibliotheek die het DNA van allerlei micro-organismen bevat. Het DNA wordt gesorteerd: dit is van deze bacterie, dat is van die bacterie, enzovoort. Uiteindelijk krijg je te zien van welke bacteriën er DNA is gevonden en hoe ze zich tot elkaar verhouden.”
Deze techniek is populair bij wetenschappers die bijvoorbeeld het microbioom in onze darmen bestuderen – dat zijn alle micro-organismen als virussen, bacteriën en parasieten bij elkaar. Met metagenomics maken ze profielen van het microbioom van zieke en gezonde mensen, en die vergelijken ze met elkaar.
Dagelijks gebruik
“Wij proberen de techniek toe te passen voor dagelijks gebruik. Dat gaat bij de ene infectieziekte wat makkelijker dan bij de andere. Wij kozen voor het opsporen van blaasontsteking in urine omdat die opsporing lastig is. Je moet niet alleen weten welke bacteriën er in zitten, maar ook hoeveel”, vertelt Janes. De promovenda en haar collega’s toonden aan dat de metagenomics-methode net zo goed werkt als de huidige manier van testen: de urine van de patiënt wordt daarbij op kweek gezet om te zien of en welke bacteriën zich gaan vermenigvuldigen.
De onderzoekers denken dat de nieuwe opsporingsmethode zelfs beter is dan de huidige kweektest. “Dat hebben we nog niet onderzocht”, benadrukt Janes. Alles wijst erop dat de metagenomics-methode sneller en accurater zou kunnen zijn. Met de huidige test duurt het 1 tot 3 dagen voordat de uitslag bekend is. Het toepassen van metagenomics levert in de onderzoeksetting binnen een uur al een uitslag als deze negatief is (geen ziekmakende bacteriën aanwezig), en een positieve uitslag na een dag. “Dan zouden we moeten onderzoeken hoe je het laboratorium zodanig inricht, dat het in de praktijk ook zo snel kan.”
Voordelen
“Soms vind je met de urinekweek geen bacterie, terwijl iemand wel klachten heeft die wijzen op een urineweginfectie. Dit kan gebeuren als iemand bijvoorbeeld al antibiotica heeft gekregen vóórdat urine werd afgenomen voor kweek. De bacteriën zijn dan al dood en zullen dus niet meer op de kweekplaat groeien. Met metagenomics spoor je het DNA van dode bacteriën wél op, waardoor je toch kan zien of er een urineweginfectie is. De techniek kijkt bovendien niet alleen naar de soort bacterie, maar zoekt in het DNA van de bacterie ook naar de eigenschappen. Zo kun je zien hoe resistent deze is: bepaalde antibiotica hebben dan geen vat op de bacterie, zodat je andere moet voorschrijven. Je kunt daardoor ook veel specifiekere antibiotica voorschrijven, zodat je niet te vaak breed werkende middelen hoeft te gebruiken.”
Minpunt
Een minpunt dat invoering in de dagelijkse praktijk nu nog in de weg kan staan, is de prijs van de techniek. “Op dit moment is een urinekweek vele malen goedkoper”, zegt Janes. “Maar de prijs van metagenomics wordt wél steeds lager. De verwachting is dat die daling nog wel even doorgaat.”
Tekst: Irene van Elzakker
Foto: Shutterstock
